Для доступа к последовательному порту Linux из приложений Wine нужно создать символьную ссылку в каталоге ~/.wine/dosdevices на файл-устройство. Например, для создания порта COM1:

ln -s /dev/ttyUSB0 ~/.wine/dosdevices/com1

Название симлинка сделать именно строчными буквами!